Przez najbliższe miesiące pasażerów czekają także utrudnienia z powodu modernizacji szlaków kolejowych. Jak mówi Marta Ziemska z PKP Intercity, prace remontowe prowadzone na krakowskim węźle kolejowym spowodują, że od kwietnia nie będzie można dojechać pociągiem do Zakopanego. Przewoźnik uruchomi zastępczą komunikację autobusową. Oznacza to, że osoby podróżujące na przykład z Warszawy do Zakopanego będą musiały przesiąść się w Krakowie do podstawionego przez przewoźnika autobusu.

Z utrudnieniami muszą się też liczyć pasażerowie dojeżdżający koleją do Warszawy. Budowa tunelu Trasy Świętokrzyskiej spowoduje zmiany w rozkładzie jazdy. Część pociągów, które dziś kończą bieg na dworcu Warszawa Wschodnia, zakończy kurs na dworcu Warszawa Gdańska. Inne pociągi jadące do Warszawy z północy lub ze wschodu będą miały wydłużony czas przejazdu.

Duże zmiany nastąpią także na tak zwanej linii radomskiej. Z powodu modernizacji odcinka Warszawa Okęcie - Czachówek pociągi na tym odcinku będą mogły korzystać tylko z jednego toru. W związku z tym część połączeń zostanie na czas prac wykreślona z rozkładu.

Kolejne zmiany w rozkładzie jazdy zostaną wprowadzone w czerwcu.